🌗 Résultat Compatible Avec Une Excrétion Virale Significative

La question de la transmission du SARS-CoV-2 par une personne asymptomatique est particulièrement importante actuellement, afin d’adapter au mieux les mesures de prévention et de lutte contre l’épidémie de Covid-19. De nombreuses équipes scientifiques tentent donc de savoir si une personne porteusedu SARS-CoV-2 qui ne présente pas de symptômes peut excréter des particules virales. Si oui, sont-elles aussi contagieuses que les personnes malades ? L'enjeu de ces questions est important car si elles ne sont pas isolées, ces personnes peuvent sans le savoir transmettre le virus à d’autres, susceptibles de développer une forme clinique parfois grave de la nouvelle étude menée par des chercheurs de l’University of Ulsan College of Medicine, en Corée du Sud, et publiée dans la revue Thoraxrévèle que les personnes atteintes d'une infection silencieuse », soit les porteurs sains », possèdent autant de charge virale dans le nez et la gorge que celles présentant des symptômes. Compte tenu du nombre important de ces personnes, un cinquième de celles infectées, selon les résultats de l'étude, ces porteurs sains peuvent donc jouer un rôle clé dans la propagation de la Covid-19. Ainsi, les personnes infectées par le SRAS-CoV-2 mais qui ne présentent pas de symptômes sont toujours porteuses d'une charge virale assez élevée pour être la présence d'une charge virale chez les porteurs sainsMais comme l'expliquent les chercheurs l'ampleur de cette charge virale et la mesure dans laquelle elle pourrait contribuer à la propagation du virus n'étaient pas claires ». Pour éclaircir ce sujet, ces derniers ont comparé la charge virale quantité de virus présent dans le sang circulant de 213 personnes testées positives pour le SRAS-CoV-2, mais qui ne présentaient pas toutes des symptômes d'infection. À la suite d'une importante épidémie de Covid-19 dans la ville de Daegu, en Corée du Sud, au début de la pandémie les cas-contact de ces personnes ont été retrouvés, ce qui a permis de découvrir plus de 3 000 cas de Covid-19, dont la gravité des symptômes était de nulle » à grave ».Les personnes présentant des symptômes légers ou sans symptômes ont été admises dans des établissements de soins spécialisés pour les isoler et les surveiller. Celles-ci ont été classées comme asymptomatiques si elles ne présentaient aucun des symptômes suivants fièvre, frissons, douleur musculaire, fatigue, nez qui coule ou bouché, perte de goût ou de l'odorat, mal de gorge, difficultés à avaler, toux, mal de crâne, vertiges, perte d'appétit, nausée, vomissements, douleurs abdominales et diarrhée. Avant la période d'isolement, 41 personnes n'ont développé aucun symptôme. Puis 39 d'entre elles ont subi un autre test de prélèvement sur le nez et la gorge 13 jours après leur diagnostic initial. Une force motrice essentielle pour la propagation de la Covid-19 »Sur les 172 autres personnes présentant des symptômes bénins, 144 ont été retestées, soit un total de 183 personnes incluses dans l'analyse finale. Il s'avère que plus de la moitié des personnes sans symptômes étaient toujours positives au virus, comme près des deux tiers de celles présentant des symptômes bénins, mais il n'y avait toutefois pas de différence significative en ce qui concerne la quantité d’ARN viral détectée entre les deux groupes. Si d'autres travaux doivent être menés pour confirmer ces résultats, les chercheurs estiment que leur découverte renforce l'hypothèse déjà présentée dans de nombreuses autres études que les personnes asymptomatiquespeuvent propager le virus. Étant donné que la plupart des personnes asymptomatiques atteintes par la Covid-19 sont susceptibles de passer inaperçues auprès des agents de santé et de continuer à résider au sein des communautés, ces personnes peuvent agir comme une force motrice essentielle pour la propagation communautaire de la Covid-19 », expliquent-ils. La prochaine étape consiste désormais à déterminer précisément combien de temps et dans quelle mesure les personnes asymptomatiques sont contagieuses, pour ainsi établir des règles de quarantaine appropriées pour ces dernières. En attendant, ces résultats confirment bien l’importance de la distanciation sociale et du port du masque. Nos données renforcent la recommandation d'utiliser des masques quelle que soit la présence de symptômes, et suggèrent que le test de dépistage du SRAS-CoV-2 devrait inclure les personnes asymptomatiques qui travaillent dans des milieux à haut risque, comme les établissements de santé », conclut l'auteur principal de l'étude le Pr Sung-Han Kim. A noter qu'en France, une étude menée par l'Inserm en avril en était venue à la même conclusion. Sur la base des résultats obtenus, elle confirmait qu’il existe bien des personnes chez lesquelles une excrétion du virus est mise en évidence par les prélèvements nasopharyngés, avant qu’elles ne développent des symptômes voire sans qu’elles n’en développent.

Lexcrétion virale diminue-t-elle avec le temps ? Durée de l'infection : Bien que l'on pense que l'excrétion virale ne cesse jamais complètement, le taux semble diminuer avec le temps . Quelqu'un qui a été infecté par le HSV pendant de nombreuses années excrète probablement moins de virus qu'une personne qui a récemment contracté l'infection.

Quand Santé publique France va-t-elle mettre à disposition un indicateur qui différencie une PCR positive forte d’une PCR positive faible ? C’est pas pour demain ! et donc les résultats seulement qualitatifs des tests RT-PCR sont non significatifs et inexploitables en terme de diagnostic clinique, en clair ils ne servent à rien ou presque du moins pour tous les cas asymptomatiques. Avis du 25 septembre 2020 de la Société Française de Microbiologie SFM relatif à l’interprétation de la valeur de Ct estimation de la charge virale obtenue en cas de RT-PCR SARS-CoV-2 positive sur les prélèvements cliniques réalisés à des fins diagnostiques ou de dépistage Version 1 _ 25/09/2020 Date de la saisine 11 septembre 2020 Demandeur Direction Générale de la Santé DGS Jérôme SALOMON Bernadette WORMS … 1. Demande Par saisine de la DGS en date du 11 septembre 2020, le Directeur Général Pr Jérôme SALOMON et la conseillère médicale Dr Bernadette WORMS cellule de gestion de crise sanitaire de la DGS ont demandé à la SFM en lien avec le Centre National de Référence CNR des Virus respiratoires d’émettre un avis concernant l’interprétation de la valeur de Ct cycle threshold, estimation de la charge virale obtenue en cas de RT-PCR SARS-CoV-2 positive sur les prélèvements cliniques respiratoires réalisés à des fins diagnostiques ou de dépistage. …… 5. Méthodologie et réponses du groupe d’expert … En revanche, en raison de son caractère seulement semi-quantitatif et des variations inter-techniques, le groupe d’experts ne pense pas qu’il soit recommandé de faire figurer systématiquement cette valeur sur les comptes-rendus de résultats. Le biologiste médical reste à même de décider si cette valeur doit être diffusée aux prescripteurs en fonction des besoins et expertises. Le groupe d’experts rappelle également que pour certaines techniques de RT-PCR, le rendu est uniquement qualitatif ou exprimé en valeurs numériques non corrélables aux valeurs de Ct usuelles tests non RT-PCR, tests multiplex … … Le biologiste médical peut donc, après évaluation locale ou à l’aide de l’abaque des valeurs de Ct obtenue comparativement à la technique du CNR IP4 cf. annexe, établir la catégorie d’excrétion virale. Il est recommandé de suivre pour les trousses commerciales les règles d’interprétation données par le fournisseur si elles sont disponibles. En plus de ces règles, et selon le nombre de cibles virales positives et la valeur du Ct de la cible la plus sensible, le biologiste peut rendre un résultat qualitatif comme suit -Si toutes cibles détectées 1/1, 2/2 ou 3/3 avec Ct de la cible la plus sensible ≤ 33,rendre Positif » -Si 2 cibles sur 3 avec Ct de la cible la plus sensible ≤ 33, rendre Positif » - Si 2 cibles sur 3 avec Ct de la cible la plus sensible > 33, rendre Positif faible » - Si toutes cibles détectées 1/1, 2/2 ou 3/3 avec Ct > 33, rendre Positif faible » - Si uniquement 1 cible détectée sur 1 avec Ct > 33, rendre Positif faible » - Si uniquement 1 cible détectée sur 2 ou 3 avec Ct 33, la présence d’ARN viral détecté est compatible avec une excrétion virale modérée voire très faible … Ainsi, la valeur de Ct de la cible la plus sensible de la technique utilisée comparée à la technique de référence IP4 peut être interprétée concernant l’importance de l’excrétion virale comme suit cf. algorithme infra

Unenouvelle hausse des malades en réanimation et plus de 20 000 nouveaux cas positifs. Les indicateurs de l’épidémie de Covid-19 se sont encore détériorés ces dernières 24 heures avec un nouveau record, selon les chiffres publiés par Santé Publique France vendredi 9 octobre.. Le nombre de malades du Covid-19 hospitalisés en réanimation a légèrement grimpé Les résultats de l'examen cytologiqueL’Examen cytobactériologique des urines ECBU est un examen microbiologique qui permet à la fois de diagnostiquer une infection urinaire en identifiant le germe responsable et d’aider à choisir le meilleur traitement. Il est l’examen le plus demandé en pratique médicale et son interprétation est relativement facile, en théorie. Un manque de rigueur dans les étapes de sa réalisation peut néanmoins conduire à des résultats de qualité assez moyenne, et par conséquent, peu macroscopiqueL’urine normale a une couleur claire, d’aspect jaune citron tandis que l’urine infectée est souvent trouble, d’odeur nauséabonde et de couleur plus foncée. Parfois, on note même la présence de sédiments tantôt blanchâtres phosphates, tantôt rouge brique acide urique ou urates.Examen CytologiqueAu cours de l’examen, on dénombre les différents éléments contenus dans un volume donné de l’urine étudiée. Le nombre de chacun d’entre eux est rapporté au ml. A l’état normal, l’urine est très pauvre en éléments cellulaires les hématies plus communément appelés globules rouges dépassent rarement le nombre de 1000 et les leucocytes globules blancs le nombre de 10 leucocytesEn cas d’infection urinaire, les leucocytes sont très souvent rencontrés en grand nombre, car la multiplication bactérienne s’accompagne d’une levée des défenses immunitaires. La leucocyturie est alors élevée > 10 000 ml leucocytes/ml. On parle également de pyurie élevée, ce qui correspond à la présence de pus, elle-même correspondante à des leucocytes altérés dans les ce n’est pas parce que la leucocyturie est faiblement positive, voire négative, qu’il n’y a pas d’infection certaines personnes nouveau-nés, femmes enceintes, personnes séropositives... peuvent avoir des défenses immunitaires nombre normal est inférieur à 103 /ml d’urine Les hématiesEn situation normale, les hématies sont rarement supérieurs à 10 000/ml d’urine. En cas de troubles anormaux, une forte hématurie peut même être repéré à l’œil nu. Les traumatismes, les calculs, les cystites hématuriques, la tuberculose, les tumeurs de l’appareil urinaire, les troubles de la coagulation à la suite par exemple de traitements anticoagulants peuvent en être à l’ nombre normal est inférieur à 104 /ml d’urine Les cristauxLes cristaux ne sont pas pathologiques lorsqu’ils sont constitués de substances présentes habituellement dans l’urine, comme l’acide oxalique, l’acide urique ou les sels de calcium. En revanche, les cristaux de phosphate ammoniaco-magnésien peuvent révéler une infection urinaire causée par une bactérie cylindresLes cylindres urinaires sont constitués par une agglutination de protéines différentes dont l’origine peut permettre la suspicion d’une cylindres hématiques qui contiennent des globules rouges indiquent une probable atteinte des cylindres leucocytaires qui contiennent des globules blancs traduisent une maladie cylindres hyalins qui ont la transparence du verre ne permettent pas d’affiner un diagnostic, même si ils sont assez fréquemment le signe d’une inflammation des situation normale, cylindres hyalins 10 000/mlBactéries 1000/mlPas de signes d’infectionColonisation vraisemblable, infection urinaire possibleSignes d’infectionInfection urinaire très probable antibiogrammeLeucocyturie 1000/mlPas de signes d’infectionColonisation vraisemblable, infection urinaire peu probableSignes d’infectionInfection urinaire probable antibiogrammeL'urine a été recueillie par le biais d'une sonde urinaireBactériurieSymptômesConclusionBactéries 1000/mlPas de signes d’infectionColonisation vraisemblable, infection urinaire possibleSignes d’infectionInfection urinaire très probable antibiogrammeLes bactéries usuellesL’infection urinaire est généralement causée par des entérobactéries des bactéries du tube digestif, et notamment par Escherichia coli. Les bactéries Klebsiella et Proteus mirabilis sont également fréquemment retrouvées tout comme Enterobacter, Serratia et Citrobacter dans le milieu retrouve également Staphylococcus saprophyticus, une bactérie à Gram positif c'est-à-dire avec une paroi bactérienne simple, qui est probablement le deuxième agent d’infection urinaire chez la femme. Corynebacterium urealyticum est une bactérie plus rarement rencontrée mais elle reste responsable de bon nombre d’infections urinaires nosocomiales du sujet retrouve par ailleurs d’autres agents que les bactéries comme les levures principalement des champignons du genre Candida même si elles affectent surtout les personnes présentant des facteurs de risques tels que le port d’une sonde urinaire, le diabète, l’immuno-dépression, ... Leur présence est attestée par un examen mycologique des résultats de l'antibiogramme L’antibiogramme est une technique de laboratoire qui vise à tester la sensibilité d’une souche bactérienne vis-à-vis de plusieurs antibiotiques. On place la culture de bactéries en présence des différents antibiotiques et on observe les conséquences sur le développement et la survie de cette dernière. Il existe ensuite trois interprétions différentes La bactérie est sensible à l’antibiotique il suffit d’une faible concentration de l’antibiotique en question pour tuer les bactéries et la dose nécessaire est administrable chez l’ bactérie est résistante à l’antibiotique la dose nécessaire pour tuer les bactéries est beaucoup trop élevée pour être supportée chez l’homme sans effets secondaires majeurs. Un tel antibiotique ne peut donc être utilisé pour traiter l’ bactérie est intermédiaire à l’antibiotique la dose nécessaire pour tuer les bactéries est tantôt administrable chez l’homme, tantôt dangereuse. Il faut donc considérer que la bactérie est résistante in vivo, c'est-à-dire dans l’ permet donc au médecin de choisir le meilleur traitement antibiotique individualisé contre la souche bactérienne responsable de l’ résultats de l'examen par bandelette urinaire L’analyse de l’urine par bandelettes est une des analyses les plus fréquentes. Elle permet de mettre en évidence les infections urogénitales, mais aussi divers troubles métaboliques, hépatiques et test se compose d’une bandelette présentant des zones réactives permettant de rechercher dans l’urine la présence de différents éléments tels que les nitrites, les protéines, le glucose, les corps cétoniques, l’urobilinogène, la bilirubine mais aussi d’estimer la densité ou le d'une bandelette réactive urinaireLeucocytes10 leucocytes / µlInfectionsNitrites0,3 mg/LInfections à EntérobactériespH5,0Calculs rénauxProtéines60 mg/L albumineDysfonctionnement rénalGlucose0,4 g/LDiabèteCorps cétoniques0,05 g/LDiabèteUrobilinogène4 mg/LMaladies du foie et des voies biliairesBilirubine84 mg/LMaladies du foie et des voies biliairesPoids spécifique1,0 kg/LDysfonctionnement rénalAttention, l’interprétation des réactions chimiques peut entraîner des faux positifs », du fait de la consommation de certains médicaments, un apport alimentaire important en nitrites ou très coloré betterave rouge, de grandes quantités de vitamine C ou de traces d’ article vous-a-t-il été utile ?À lire aussi ^{ComCorest une vaste étude qui inclut plus de 160 000 participants* avec infection aiguë par le SARS-CoV-2. Elle permet de décrire les lieux et les circonstances de contamination par ce virus. Retour sur l’intérêt et les limites de l’étude ComCor, ou ce que l’on peut retenir de ses résultats.*19 avril 2021}

Conséquences sanitaires hors Covid de la Covid 19 Les conséquences de la Covid 19 sont catastrophiques pour des milliers de malades hors Covid. À la fin du 1er confinement, 50 à 70% de l’activité de chirurgie programmée avait été reportée ou était disparue. À la fin d’année 2020, Public et Privé confondus, environ un million d’interventions programmées avaient été reportées ou supprimées faute de lits et de personnels. Cela était dû à la saturation des hôpitaux liée aux contaminations. Alors qu’en France 16 000 malades en attente de transplantation étaient comptabilisés, l’année 2020 s’est terminée avec 600 transplantations de moins qu’en 2019 ! Au mois de novembre au seul CHU de Grenoble 10 donneurs de rein “du vivant” étaient en attente du prélèvement. Qui s’intéresse aux 10 malades concernés? Et à l’issue du 1er confinement, 220 greffons rénaux ont été ainsi perdus, c’est irremplaçable. Et autant de malades restant en dialyse pour les plus chanceux… les autres sont morts. Le manque de lits en hôpital public, conséquence des politiques austéritaires est en cause. Fin de vie près d’un quart des Français décèdent à domicile De quoi et où meurent les Français ? Comment évolue le profil des patients en fin de vie en France ? Afin de décrire au mieux les enjeux et les réalités de l’accompagnement de la fin de vie et de la place des soins palliatifs dans le pays, le Centre national des soins palliatifs et de la fin de vie a publié en fin octobre 2020 la seconde édition de son Atlas national des soins palliatifs et de la fin de vie. De quoi et où meurent les Français ? Cet atlas montre par ses cartes, tableaux et graphiques montrent notamment qu’une part non négligeable de Français décèdent en ville particulièrement les plus âgés. En 2018, 24% des sujets décédés ont ainsi fini leurs jours chez eux et 13% sont morts en Ehpad ou maison de retraite. Plus les personnes vieillissent, plus elles meurent à domicile et en EHPAD », affirme en effet le Centre national. La médecine de ville est partie prenante dans l’accompagnement de ces patients. Un mois avant leur mort, 55% des sujets décédés en Ehpad et 65% des individus décédés à leur domicile avaient vu un médecin généraliste à 2 ou 3 reprises en moyenne. Le cancer est la 1ère cause de décès, les maladies de l’appareil circulatoire sont la 2 ème cause. Au-delà de ces constats, les auteurs du rapport anticipent pour les prochaines années une augmentation importante du nombre de patients en fin de vie. En 2017, le nombre de décès a franchi la barre des 600 000 par an, soit près de 10 pour 1 000 habitants. Le nombre de décès devrait atteindre les 770 000 par an d’ici 2050. Cette augmentation de la mortalité va aller de pair avec un vieillissement de la population. Si en 2019, près de 10% de la population étaient âgés de plus de 75 ans, cette proportion devrait doubler d’ici 50 ans », prévoit le Centre national des soins palliatifs. Tout ceci pour dire la nécessité d’augmenter progressivement le nombre de services de soins palliatifs alors que la politique de ces dernières années a été plutôt à la restriction. Une avancée dans le traitement des maladies à prions Une équipe du Broad Institute, aux États-Unis, vient de présenter les résultats encourageants d’une méthode permettant de limiter les effets délétères de ces agents infectieux que sont les prions. Les prions appelés aussi PrP protéines résistantes aux protéases sont des agents transmissibles non conventionnels. Le prion n’est ni une bactérie, ni un virus, ni un champignon, c’est une protéine. Il existe deux grandes formes du prion, une forme dite sauvage ou native qui joue un rôle neuro-protecteur et anti-apoptotique et une forme malade ou scrapie». C’est cette seconde forme, capable d’induire des pathologies neurodégénératives, qui a récemment fait l’objet d’une publication de l’équipe dirigée par Sonia et Eric Vallabh Minikel, du Broad Institute. Toutes ces protéinopathies finissent par provoquer des encéphalopathies spongiformes transmissibles. Les maladies à prions tuent 100 à 150 personnes en France chaque année, mais le caractère infectieux de ces maladies n’est pas à prendre à la légère. À la fin des années 1980, l’Europe a ainsi subi les effets de la contagiosité de cette protéine avec l’apparition de l’encéphalopathie spongiforme bovine, médiatisée sous le nom de crise de la vache folle ». Cette épidémie avait bien montré la capacité de la PrPˢᶜ à contaminer des individus humains alors même que la protéine en question était issue de bovins. La barrière des espèces, si contraignante pour les agents infectieux, n’en est pas une pour le prion. Une autre forme de maladie à prion existe la forme génétique. Sans traitement, elle provoque des démences, des maladies neuromusculaires et d’autres altérations du système nerveux, et est fatale dans 100 % des cas. C’est sur ces formes génétiques de maladies à prions que se sont penchés les chercheurs du Broad Institute. Les résultats de cette recherche qui ont été publiés récemment dans la revue Nucleic Acid Research. Leur approche est fondée sur l’utilisation d’oligonucléotide anti-sens ASO qui sont de longues séquences d’acides nucléiques conçues pour être complémentaires de l’ARN qu’elles sont censées cibler, celui de la PrP. Une fois qu’un ASO s’accroche à un brin d’ARN complémentaire, la structure qui résulte de cet appariement est un double brin d’ARN et d’ASO. Pour la cellule, tout double brin se trouvant en dehors du noyau est une aberration elle le dégrade. C’est ainsi que l’ASO et l’ARN sont découpés par la cellule. L’ARN de la PrP une fois dégradé ne peut plus être traduit en protéine, ainsi la quantité de PrP diminue et donc offre moins de cible à la PrPˢᶜ. Cette technique pourrait marcher sur les formes génétiques de la maladie. Un espoir. Dr Thierry Lardenois, président de la Carmf, déclare En 2020, le Covid entraîné un surcroît de 200 décès de médecins» La Carmf est la Caisse autonome de retraite des médecins libéraux de France. Elle est la seule et comptabilise donc l’ensemble des décès de ces médecins. Son avis est précieux. En 2020, la Caisse a mis en place plusieurs mesures exceptionnelles et mobilisé un milliard d’euros pour soutenir la profession, bousculée par le coronavirus. Dans un entretien au Généraliste, son président revient sur l’impact de la crise sanitaire, particulièrement meurtrière pour les médecins libéraux – si 63 praticiens sont déclarés morts des suites du Covid-19, on sait aussi que 200 décès de praticiens ont été enregistrés en plus en 2020 par rapport aux années précédentes. L’épidémie a par ailleurs entraîné la mise à l’arrêt temporaire ou prolongée d’un grand nombre de médecins libéraux. Le patron de la Carmf redoute que la crise se prolonge durablement. Nous ne pourrons pas ressortir tous les ans des montants d’aides comme celles versées cette année», prévient-il. Pour l’autre moitié des médecins les médecins salariés nous n’avons pas encore les chiffres des décès ; de même pour les autres professions de santé. On sait qu’elles auront payé un lourd tribut. Pour en finir avec l’Hydroxychloroquine l’étude Hycovid du CHU d’Angers conclut à une absence d’effet Lancé en avril par le CHU d’Angers pour mettre fin définitivement» aux débats sur l’hydroxychloroquine HCQ, de manière simple et rigoureuse», l’essai randomisé Hycovid» livre ses résultats sur le site de prépublication medRxiv la molécule n’a eu aucun effet sur l’évolution clinique ou sur l’évolution de l’excrétion virale chez les patients atteints de Covid-19 léger à modéré et présentant un risque plus élevé d’aggravation». Les patients inclus devaient présenter au moins un des trois facteurs de risque d’aggravation identifiés être âgé de 75 ans ou plus, avoir entre 60 et 75 ans et présenter une maladie chronique augmentant le risque de complication en cas de Covid hypertension artérielle, diabète, obésité ou souffrir de problèmes respiratoires nécessitant un traitement par oxygène. L’essai a comparé le traitement par HCQ 2 fois 400 mg le premier jour, puis 2 fois 200 mg par jour pendant 8 jours au placebo sur l’évolution clinique à J14 et J28 et sur l’évolution de l’excrétion virale à J5 et J10. Le temps médian entre l’apparition des symptômes et le début du traitement était de 5 jours. À J14, neuf patients du groupe HCQ étaient décédés ou intubés, contre huit dans le groupe placebo. À J28, ils étaient neuf dans le groupe HCQ, contre douze patients ayant reçu le placebo. Aucune différence significative» n’a ainsi été constatée, rapportent les auteurs. Nous n’avons observé aucun bénéfice du traitement à l’HCQ sur la durée de la positivité au test RT-PCR», poursuivent-ils. Ces résultats vont dans le sens des essais randomisés nationaux. Si les promoteurs de l’HCQ s’étaient donné la peine de faire une étude randomisée, beaucoup de temps aurait été gagné et de faux espoirs délétères auraient été évités. L’UFC-Que Choisir alerte sur la pénurie de médicaments qui s’aggrave en France Face aux nombreuses pénuries de médicaments et aux réponses jugées déficientes des laboratoires, l’association UFC-Que Choisir réclame des mesures à l’État en publiant une étude sur le sujet, lundi 9 novembre. Les tensions d’approvisionnement de médicaments ont subi une forte croissance depuis une décennie, alerte l’UFC-Que Choisir. Il y avait en effet 405 pénuries en 2016 et presque trois fois plus en 2019. En 2020, 2 400 ruptures devraient être constatées, “six fois plus qu’il y a quatre ans”, note l’étude, citant l’Agence nationale de sécurité du médicament ANSM. Une situation d’autant plus alarmante que ces pénuries concernent des médicaments dits “d’intérêt thérapeutique majeur”, “pour lesquels une interruption de traitement peut être susceptible de mettre en jeu le pronostic vital des patients”. Dans 30% des situations, les industriels renvoient vers un autre médicament, alors que “les substitutions peuvent entraîner des effets secondaires plus importants, ou nécessiter un temps d’adaptation à la nouvelle posologie, particulièrement pour les patients âgés”, selon l’UFC. Dans 12% des cas, les producteurs orientent “vers des solutions de derniers recours”, comme la diminution de la posologie. Enfin, dans près d’un cas sur cinq 18%, les laboratoires “ne proposent tout simplement aucune solution de substitution”. L’association souligne également que ces pénuries ne touchent que rarement les molécules récentes les plus onéreuses. Les médicaments indisponibles sont prioritairement des produits anciens 75% sont commercialisés depuis plus de 20 ans et peu coûteux les trois quarts coûtant moins de 25 euros. Cancer du col de l’utérus l’OMS lance sa première stratégie mondiale d’éradication L’Organisation mondiale de la santé OMS a lancé le 17 novembre, la première stratégie mondiale d’élimination du cancer du col de l’utérus. Cette dernière s’appuie sur trois piliers la vaccination, le dépistage et le traitement. Le rapport de l’OMS insiste sur le fait que les progrès réalisés dans ces différents domaines pourraient réduire de 40 % le nombre annuel de nouveaux cas et éviter 5 millions de décès d’ici à 2050. Le cancer du col de l’utérus est le 4e cancer le plus commun chez les femmes. Selon les projections épidémiologiques de l’OMS, le nombre annuel de nouveaux cas passera, si rien n’est fait, de 570 000 à 700 000 entre 2018 et 2030, tandis que le nombre de décès passera de 311 000 à 400 000 par an. Dans les pays à revenu faible ou moyen, son incidence est désormais le double de celle observée dans les pays riches, et le taux de mortalité est triplé. L’OMS presse tous les pays concernés de faire de la vaccination, des traitements et du dépistage des actions prioritaires, à poursuivre en toute sécurité», qualifiant la lutte contre le cancer du col de l’utérus de lutte pour les droits des femmes». La résolution de l’agence onusienne a été adoptée par 194 pays. Mais la France est très en retard… Un an après que la HAS s’est prononcée en faveur de la vaccination des garçons contre le HPV, un arrêté paru au JO du 4 décembre vient d’étendre le remboursement du vaccin Gardasil 9 à la population masculine. Désormais, ce vaccin est pris en charge à 65 % dans les indications thérapeutiques de l’AMM pour les populations filles et garçons recommandées suite à l’avis de la HAS de décembre 2019», stipule l’arrêté. Selon la HAS, l’élargissement de la vaccination aux garçons devrait permettre de mieux protéger les garçons et les hommes quelle que soit leur orientation sexuelle, mais aussi les filles et les femmes non vaccinées, en diminuant la transmission du virus». Suite à l’avis de la HAS, la vaccination des garçons contre le HPV avait été introduite dans le calendrier vaccinal 2020, mais avec une mise en œuvre repoussée à début 2021, notamment pour des raisons administratives et de prise en charge. Le remboursement est désormais entériné. ça traine vraiment! Trier les malades de la Covid-19 le choix des patients prioritaires ne doit pas reposer sur l’âge, mais la perte de chance selon le Comité consultatif national d’éthique Début novembre, le Comité consultatif national d’éthique CCNE a été saisi par le ministère de la Santé pour rendre un avis sur les problématiques d’accès aux soins pour tous dans le contexte épidémique. Dans un avis le CCNE se prononce sur les enjeux éthiques soulevés par la priorisation » des malades ou triage des malades Covid et non Covid et formule huit recommandations. Une situation exceptionnelle ne doit pas conduire à une éthique d’exception», insiste le CCNE qui rappelle l’exigence de respecter les principes de non-malfaisance, non-discrimination, non-hiérarchisation des vies et de respect des droits fondamentaux d’autonomie, de dignité, d’équité et d’attention aux plus vulnérables». Le CCNE souligne que cette pandémie met en lumière les limites des capacités hospitalières et de tout le système de santé. Il explique également que l’accès aux services de réanimation n’est que le sommet de l’iceberg» et que la tension est belle est bien présente dans tous les services hospitaliers qui doivent décider des patients à traiter en urgence ou non pour faire de la place aux patients Covid. Il critique d’ailleurs cette stratégie très présente» lors de la première vague, et qui a montré ses limites en termes de pertes de chance pour les patients non Covid», en évoquant les excès de mortalité constatés, en particulier pour les patients souffrant de maladies coronariennes ou atteints de cancer. La règle admise étant d’allouer la ressource aux patients qui pourront en tirer le plus de bénéfices et non pas à ceux en plus grand danger de mort. En revanche, le CCNE critique la décision de certains comités d’éthique étrangers de retenir l’âge comme critère de choix. Pour l’instance, et c’est l’objet de sa recommandation numéro 8, la question de l’inadéquation des moyens au regard des besoins est un enjeu éthique de santé publique». C’est bien sur cet aspect que la politique du gouvernement est principalement mise en défaut.

Dansl’encéphalite à VEB, les patients peuvent présenter de la fièvre, des maux de tête, une raideur de la nuque, une altération de l’état mental, une irritabilité, une léthargie et, rarement, un état comateux. Le virus d’Epstein-Barr doit être considéré comme un agent causal possible pour tout enfant atteint d’encéphalite aiguë, car les résultats cliniques de l

Coronavirus SARS-CoV-2 représentation artistique d’une particule virale © Fusion Medical Animation on Unsplash L’évolution dans le temps de la quantité du virus SARS-CoV-2 dans un organisme humain infecté et de sa présence dans divers fluides biologiques influent sur la transmission du virus responsable de la maladie Covid-19. Pour décrire ces paramètres essentiels pour estimer la durée du pouvoir infectieux du virus, et par là même sa contagiosité, les virologues parlent de la cinétique de la charge virale nombre de copies d’ARN viral évalué par la technique PCR réalisée sur le prélèvement biologique, de la durée d’excrétion du virus via la détection de son matériel génétique, et de l’isolement de particules virales viables lorsque l’activité du virus est directement détectée après inoculation de cellules en culture par un échantillon biologique. Connaître ces divers paramètres se pose à la fois pour les patients symptomatiques, pour ceux qui demeurent asymptomatiques tout au long de l’infection, mais également pour ceux qui sont présymptomatiques, à savoir pour ceux, qui détectés positifs au test PCR, n’ont pas encore développé de symptômes mais qui en présenteront dans les jours qui suivent. Ces données virologiques et épidémiologiques s’avèrent essentielles pour déterminer au mieux le moment où les patients infectés sont le plus contagieux ainsi que la durée de la contagiosité. Plusieurs études ont récemment entrepris de faire le point sur ces données fondamentales de l’infection à SARS-CoV-2, au sujet desquelles demeurent de nombreuses incertitudes. Elles ont identifié l’ensemble des articles parus dans la littérature médicale internationale et indexés dans plusieurs bases de données bibliographiques. Les études identifiées étaient des séries de cas, des études sur des cohortes de patients Covid-19 et des essais contrôlés randomisés, autant de publications dans lesquelles les auteurs avaient indiqué ce qu’il en était de la dynamique de la charge virale ou de la durée de l’excrétion du virus chez les patients et, dans de rares cas, de la durée durant laquelle après le début des symptômes on parvient à isoler du virus viable après mise en culture d’échantillons biologiques. Publiée le 19 novembre 2020 dans la revue The Lancet Microbe, une revue systématique de la littérature médicale, doublée d’une méta-analyse, a montré qu’on ne détecte plus de virus viable au-delà de 9 jours après le début de la maladie, même en cas de persistance d’une charge virale élevée. De fait, le pic de la charge virale évaluée par le nombre de copies d’ARN viral a eu lieu lors de la première semaine suivant le début des symptômes. Cette étude a été conduite par des virologues et infectiologues britanniques Western General Hospital et Faculté de médecine d’Édimbourg, en association avec des chercheurs des universités de Glasgow Ecosse et de Naples Italie. Les chercheurs ont par ailleurs comparé la dynamique virale du SARS-CoV-2 et de deux autres coronavirus humains hautement pathogènes le SARS-CoV responsable du syndrome respiratoire aigu sévère et le MERS-CoV à l’origine du syndrome respiratoire du Moyen-Orient. Prélèvement nasopharyngé en vue de la réalisation d’un test diagnostique PCR. Marty FM, et al. N Engl J Med. 2020;38222e76. Détection de l’ARN viral dans les prélèvements des voies respiratoires supérieures pendant environ deux semaines Muge Cevik et collègues ont analysé les données issues de 79 articles sur le SARS-CoV-2 dont 58 émanaient de chercheurs chinois et qui portaient au total sur 5340 patients Covid-19, 8 sur le SARS-CoV 1858 patients et 11 sur le MERS-CoV 799 patients. Les études incluses dans cette revue systématique ont été publiées avant le 12 mai 2020. Ces chercheurs ont déterminé la durée moyenne durant laquelle on détecte la présence de l’ARN viral du SARS-CoV-2 dans divers milieux biologiques. Il ressort que la durée moyenne d’excrétion du virus de son ARN dans les voies respiratoires supérieures est de 17 jours. Cette durée de détection de l’ARN viral est plus longue que celle observée dans les voies respiratoires inférieures, qui est de 14,6 jours en moyenne [1]. Par ailleurs, la durée moyenne d’excrétion de l’ARN viral est de 17,2 jours dans les selles et de 16,6 jours dans le sérum sanguin. Quatre-vingt-trois jours durée d’excrétion maximale dans l’appareil respiratoire La durée maximale d’excrétion de l’ARN viral a été de 83 jours dans l’appareil respiratoire supérieur, de 59 jours dans l’appareil respiratoire inférieur, de 126 jours dans les matières fécales et de 60 jours dans le sérum [2]. Ces résultats sont différents de ceux observés lors de l’infection par le SARS-CoV. En effet, lors du syndrome respiratoire aigu sévère SARS, la durée maximale d’excrétion était d’environ 55 jours huit semaines dans l’appareil respiratoire supérieur, de 52 jours dans l’appareil respiratoire inférieur, de 126 jours dans les matières fécales et d’environ 40 à 50 jours 6 à 7 semaines dans le sérum. Dans la Covid-19, il ressort que la durée moyenne de l’excrétion de l’ARN viral est positivement associée à l’âge. Plus précisément, toutes les études sauf une ont identifié une association entre un âge supérieur à 60 ans et une durée prolongée d’excrétion de l’ARN viral. Le sexe masculin a également été trouvé associé à une excrétion virale prolongée. fernandozhiminaicela © Pixabay Pic de charge virale pendant la première semaine de la maladie Sur treize études ayant évalué à plusieurs reprises la charge virale dans des échantillons des voies respiratoires supérieures, huit ont montré que le pic de la charge virale avait eu lieu lors de la première semaine suivant le début des symptômes. Plus précisément, selon les études, les valeurs les plus élevées de la charge virale ont été observées peu de temps après le début des symptômes ou à leur apparition ou dans les trois à cinq premiers jours de la maladie, après quoi la charge virale a décliné », déclarent les auteurs. Concernant les voies respiratoires inférieures, le pic de la charge virale a été en revanche enregistré plus tard, au cours de la deuxième semaine de la maladie. À noter que l’analyse post-mortem d’un patient dont la PCR avait été négative sur les prélèvements nasopharyngés a montré que celle-ci était en revanche positive dans le tissu pulmonaire, l’histologie révélant par ailleurs la présence de particules virales dans les cellules épithéliales des bronchioles. La charge virale du SRAS-CoV-2 dans les voies respiratoires supérieures atteint donc son maximum au cours de la première semaine de la maladie, alors que le pic est atteint plus tard dans le syndrome respiratoire aigu sévère infection par le SARS-CoV et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient dû au MERS-CoV. En effet, le pic de la charge virale du SARS-CoV se situe entre le 10ème et le 14ème jour post-infection, alors que celui dans l’infection par le MERS-CoV a lieu entre le 7ème et 10ème jour. Charge virale erratique dans les selles La dynamique de l’excrétion du virus dans les selles est plus erratique, la charge virale la plus élevée ayant été rapporté à des moments très différents selon les études au 7ème jour, entre la deuxième et la troisième semaine, voire jusqu’à 5 à 6 semaines après le début des symptômes. Dans une revue de la littérature publiée en ligne le 20 octobre dans Infection Control & Hospital Epidemiology, Lauren Fontana, Jessina McGregor et leurs collègues de l’Oregon Health and Science University de Portland rapportent que la durée moyenne de positivité de la PCR sur les selles est de 22 jours. La PCR sur les selles peut rester positive alors que celle sur les prélèvements oropharyngés sont redevenus négatifs. Une PCR positive sur les selles est observée deux semaines après le début des symptômes. La sévérité de la maladie ne semble pas influer sur la durée d’excrétion de l’ARN viral dans les selles, des durées comparables ayant été enregistrées dans les formes légères et sévères de Covid-19. Une excrétion virale dans les selles n’est pas constamment observée. En effet, des études indiquent que le virus n’est détectable dans les matières fécales que chez 35 % à 59 % des patients étudiés. On peut signaler que les études ayant évalué la présence d’ARN viral dans le sérum sanguin dans des populations de patients présentant une forme légère à modérée de la maladie Covid-19 n’en ont pas trouvé ou ont rapporté des résultats faiblement positifs ou inconséquents. La présence d’ARN viral dans les urines a été moins fréquemment recherchée. Là encore, les études ont rapporté des résultats peu fiables. Charge virale et sévérité de la maladie Vingt études ont évalué la durée de l’excrétion de l’ARN viral en fonction de la sévérité de la maladie Covid-19. Treize d’entre elles ont rapporté une durée d’excrétion plus longue chez les patients présentant une forme sévère de la maladie que chez les autres. Six études ont par ailleurs comparé l’excrétion virale chez des patients présentant ou non une forme sévère de Covid-19. Cinq de ces études ont montré une durée d’excrétion plus longue chez les patients sévèrement atteints, une seule étude n’indiquant pas de différence entre les deux groupes. Publiée en septembre 2020 dans le Journal of Infection, une revue systématique de la littérature réalisée par une équipe irlandaise Health Information and Quality Authority, Cork a recensé neuf études rapportant une association entre une charge virale élevée et des symptômes plus sévères. Une de ces études, conduite par une équipe chinoise et publiée en août dans le Journal of Infection, a porté sur 76 patients. Elle a trouvé que la charge virale moyenne habituellement mesurée sur les échantillons nasopharyngés dans les cas sévères était environ 60 fois plus élevée que celle observée dans les cas de moyenne sévérité, et ce du stade précoce au stade tardif de l’infection. Une autre publication chinoise sur 23 patients, publiée en mai dans The Lancet Infectious Diseases, a rapporté des charges virales globalement dix fois plus élevées évaluées dans des prélèvements provenant de l’oropharynx ou de la trachée chez les patients atteints d’une forme sévère en comparaison à ceux atteints d’une forme légère de la maladie, mais la différence entre les deux groupes n’était pas statistiquement significative. © Flickr. NIAID Charge virale chez les sujets asymptomatiques et symptomatiques Quid de la dynamique de la charge virale et de la durée de l’excrétion virale parmi les personnes infectées par le SARS-CoV-2 mais ne présentant pas de symptômes ? Seulement douze études fournissant des données dans ce domaine ont été identifiées. La majorité d’entre elles indique une charge virale similaire chez les patients symptomatiques ou asymptomatiques, avec une différence non statistiquement significative entre les deux groupes. Deux publications font état d’une charge inférieure chez les sujets asymptomatiques par rapport aux symptomatiques, alors que quatre autres rapportent des charges virales initiales similaires dans ces deux groupes. Publiée en avril dans le New England Journal of Medicine, une étude américaine conduite auprès des résidents d’un établissement de soins a par ailleurs montré des charges virales similaires entre patients asymptomatiques, présymptomatiques et symptomatiques [3]. Durée d’excrétion virale chez les asymptomatiques, présymptomatiques, symptomatiques Si la charge virale semble donc être similaire entre les sujets asymptomatiques et symptomatiques, la plupart des études montrent cependant une disparition clearance de la charge virale plus rapide chez les sujets asymptomatiques. Celle-ci a été plus rapide chez ces derniers dans cinq études sur six qui se sont intéressées à cette question. Une seule étude chinoise n’avait donc pas rapporté un résultat allant dans le même sens que les cinq autres. Publiée en ligne en mai dernier dans Emerging Microbes & Infections, elle avait trouvé une durée d’excrétion plus longue parmi les asymptomatiques, mais la différence n’était pas statistiquement significative. On peut rapprocher ce résultat de celui observé concernant la cinétique d’autres virus respiratoires, tels que le virus influenza grippe et du MERS-CoV. Dans ces deux infections, l’excrétion virale est de moindre durée chez les patients asymptomatiques que chez ceux présentant des symptômes. La revue systématique irlandaise publiée dans le Journal of Infection a identifié huit études ayant mesuré la durée d’excrétion du virus chez les patients asymptomatiques et présymptomatiques. Les estimations varient grandement selon les articles. Publiée en mars dans la revue Science China Life Sciences, une étude chinoise a inclus 24 cas asymptomatiques et présymptomatiques chez des sujets contacts de personnes infectées. Les auteurs ont rapporté que le virus a été détecté pendant une période plus longue médiane de 12 jours chez les patients ayant par la suite développé des symptômes présymptomatiques en comparaison avec ceux qui sont restés asymptomatiques médiane de 6 jours. Chez les cinq patients présymptomatiques, le premier test PCR est revenu positif deux jours avant le début des symptômes. Une étude chinoise, publiée en mai dans le Journal of Medical Virology, s’est intéressée à quinze sujets restés asymptomatiques durant toute la durée de leur hospitalisation durée médiane de suivi de 11 jours. Un délai médian de 7 jours a été observé entre le premier test PCR positif et le premier des deux tests PCR ultérieurs revenu négatif. Une autre étude chinoise, publiée en mai dans Emerging Microbes & Infections, a rapporté une durée médiane plus longue 18 jours chez cinq patients asymptomatiques que chez cinq autres patients 14 jours présentant une forme sévère de la maladie. Cette durée était de 10 jours chez onze patients atteints d’une forme symptomatique mais non sévère de Covid-19. D’autres études de cas portant sur des sujets asymptomatiques hospitalisés font état d’une durée de détection du virus s’étalant entre 7 et 23 jours. Publiée en juin dans l’International Journal of Infectious Diseases, une équipe sud-coréenne a étudié trois patients présymptomatiques positifs à la PCR mais n’ayant pas encore développé les symptômes qu’ils allaient présenter le lendemain et le surlendemain douleurs musculaires, fièvre, toux et dix patients restées entièrement asymptomatiques non traités. Chez deux des trois patients présymptomatiques, la charge virale était élevée CT inférieure à 20 durant la période d’incubation, en l’occurrence deux jours avant le début des symptômes. La charge virale revenait à des valeurs faibles 14 jours après le début des symptômes chez ces patients présymptomatiques. Chez les patients asymptomatiques, la charge virale n’était pas très élevée au moment du diagnostic d’infection. Elle chutait à des valeurs faibles CT supérieur à 35 au bout de 4,5 jours. Le résultat de la PCR revenait négatif ou indéterminé 14 jours après le diagnostic, signant donc la disparition de toute trace du virus. Les auteurs de cette étude font remarquer que les autorités sanitaires sud-coréennes ont modifié en conséquence les recommandations en matière de retrotracing appelé en français traçage rétrospectif ». Il s’agit dorénavant de rechercher les personnes ayant été en contact avec une personne infectée non plus un jour, mais deux jours, avant le début des symptômes. © Flickr. NIAID Aucun virus viable dans les échantillons respiratoires au-delà de 9 jours Qu’en est-il des études qui ont cherché à savoir si le virus détecté était véritablement viable ? Les auteurs de l’étude parue dans The Lancet Microbe indiquent en avoir identifié onze. Parmi celles-ci, huit ont permis de montrer la présence de virus viables dans des prélèvements respiratoires au cours de la première semaine de la maladie. Trois études n’ont pu isoler de virus viable dans des prélèvements respiratoires plus de 8 jours après le début des symptômes. De même, deux autres études indiquent n’avoir isolé aucun virus viable au-delà de 9 jours, malgré la persistance de taux élevés d’ARN viral. Par ailleurs, une étude a montré que la probabilité d’isoler le virus dans des cultures cellulaires était la plus élevée au troisième jour après le début des symptômes [4]. Signalons enfin que des chercheurs taïwanais ont réussi à isoler le virus à partir des cultures cellulaires de prélèvements oropharyngés collectés à l’admission, de même que sur tous les crachats, dans les 18 jours suivant le début des symptômes chez une patiente Covid-19 cinquantenaire. Durée d’excrétion du virus dans les selles Concernant la présence du virus dans les selles, des études ont montré que l’ARN viral du SARS-CoV-2 peut y être détecté pendant une période prolongée, avec des taux élevés trois semaines après le début de la maladie. Cependant, peu d’études ont documenté la présence de virus viable dans les échantillons de matières fécales et les résultats sont mitigés. Une étude allemande publiée en avril dans Nature a rapporté n’avoir réussi à isoler le virus dans treize échantillons de matière fécale prélevés entre J6 et J12 chez quatre patients, quel que soit leur niveau de charge virale dans les prélèvements respiratoires. Publiée en août dans la revue en ligne Emerging Infectious Diseases, une étude taïwanaise, a cependant détecté du virus viable dans les selles durant les 19 jours suivant le début des symptômes chez une patiente de 50 ans atteinte d’une forme grave de Covid-19. Le rôle d’une transmission du SARS-CoV-2 par la voie féco-orale n’est donc pas clair. Pas de virus viable en deçà d’un certain seuil de charge virale Quelle est la corrélation entre l’isolement du virus et le résultat de la PCR ? En d’autres termes, quelle corrélation existe entre la mise en évidence de la présence du virus en culture et le niveau de la charge virale évaluée par la technique d’amplification génique PCR Polymerase Chain Reaction qui permet de détecter la présence de l’ARN viral ? On rappelle que la PCR consiste à dupliquer les séquences génétiques virales contenues dans les échantillons biologiques en réalisant des cycles d’amplification successifs jusqu’à pouvoir détecter la présence du matériel génétique viral grâce à des marqueurs fluorescents. La mesure de la charge virale par la technique PCR est donc fonction du nombre de cycles nécessaires afin d’atteindre une valeur seuil détectable. Si la charge virale est élevée, autrement dit si le prélèvement renferme une grande quantité de virus, il suffira d’un petit nombre de cycles d’amplification Ct, pour Cycle Threshold pour atteindre le seuil de détection. En d’autres termes, plus la valeur du Ct est élevée et moins il y a de virus dans l’échantillon analysé. Il s’avère qu’aucun virus n’a été isolé dans les cultures cellulaires lorsque la charge virale était inférieure à 106 copies/ml, lorsque le Ct était supérieur à 24, ou encore lorsque le Ct était supérieur à 34. Ainsi, la plus faible charge virale pour laquelle la culture virale a été positive correspondait à un Ct de 34. Le nombre de cultures virales positives décline donc au fur et à mesure que la valeur du Ct augmente. Une étude canadienne, publiée en mai dans la revue Clinical Infectious Diseases, a ainsi rapporté que les chances d’isoler du virus diminuent de 32 % pour chaque augmentation d’une unité de la valeur du Ct. © Flickr. NIAID Durée d’excrétion de virus viable dans les échantillons respiratoires Combien de temps isole-t-on du virus viable dans les prélèvements respiratoires ? Une étude allemande publiée en avril dans Nature Medicine a indiqué ne plus avoir détecté de virus viable dans les cultures des échantillons des voies respiratoires après le 8ème jour après le début des symptômes, et ce malgré une charge virale encore élevée. Une étude américaine, publiée en mai dans le New England Journal of Medicine, a rapporté la présence de virus viable après mise en culture de prélèvements des voies respiratoires de sujets symptomatiques et présymptomatiques, de même que chez un sujet asymptomatique. Du virus viable a notamment été isolé dans des échantillons collectés 9 jours après le début de symptômes typiques. Une étude néerlandaise, postée en juin sur le site de prépublication medRxiv, indique que, bien que la durée moyenne d’excrétion du virus était de 8 jours après le début des symptômes, du virus viable a encore été cultivé à partir d’échantillons respiratoires jusqu’à 20 jours après le début des symptômes. Les auteurs indiquent que la probabilité de détection de virus viable dans des cultures de prélèvements respiratoires est inférieure à 5 % lorsque la durée des symptômes dépasse 15 jours. De fait, une seule étude, publiée par une équipe chinoise en août dans le Journal of Infection, a rapporté l’isolement de virus viable à partir d’échantillons respiratoires au-delà de la deuxième semaine de la maladie, en l’occurrence à partir de crachats recueillis 18 jours après le début des symptômes. Au vu de l’ensemble de ces données, il est donc probable qu’un résultat PCR positif sur un prélèvement respiratoire recueilli trois semaines après le début des symptômes corresponde à l’excrétion de virus non viable, autrement dit à de simples fragments d’ARN viral. De ces résultats concernant la positivité des cultures et le taux d’isolement du virus en fonction de la charge virale évaluée par PCR, on peut donc globalement retenir que la durée d’infectiosité, et donc probablement de contagiosité, se situe dans les dix jours suivant le début des symptômes dans les cas de Covid-19 non sévères. Les Centres américains de contrôle et de prévention des maladies CDC indiquent ainsi dans leurs recommandations, mises à jour le 19 octobre, que les données disponibles montrent que les personnes avec une COVID-19 légère à modérée restent infectieuses au plus tard 10 jours après l’apparition des symptômes. Les personnes souffrant d’une maladie plus grave à critique, présentant un déficit immunitaire sévère, restent probablement contagieuses tout au plus 20 jours après l’apparition des symptômes ». L’Organisation mondiale de la santé OMS considère que, pour les patients symptomatiques, la levée de l’isolement des patients peut intervenir dix jours après l’apparition des symptômes auxquels il convient d’ajouter au moins trois jours supplémentaires sans symptômes [5]. Concernant les patients asymptomatiques, l’OMS considère que l’isolement peut être levé dix jours après un test PCR positif pour le SARS-CoV-2. Au terme de l’analyse des données concernant le pic de la charge virale enregistré au cours de la première semaine et l’isolement de virus viable observé principalement au cours de la première semaine de la maladie, les auteurs de la revue systématique et méta-analyse parue dans The Lancet Microbe, considèrent que les patients atteints d’une infection par le SARS-CoV-2 sont sans doute le plus infectieux au cours de la première semaine de la maladie, ce qui souligne l’importance d’un isolement immédiat dès l’apparition des premiers symptômes, ce qui inclut également les symptômes légers ou atypiques qui précèdent les symptômes plus typiques de la maladie ». Ce message est d’autant plus important que plusieurs études épidémiologiques et de modélisation ont rapporté l’existence d’un pic de la charge virale au cours de la phase prodromale de la maladie, c’est-à-dire avant l’apparition des symptômes ou au moment-même de leur survenue. Études épidémiologiques et de modélisation La durée d’infectiosité du virus a également été analysée sous le prisme de trois études épidémiologiques et de deux études de modélisation, rapporte la revue systématique irlandaise. Et les auteurs de citer notamment une étude taïwanaise, parue en mai dans la revue JAMA Internal Medicine, qui a analysé la dynamique de la transmissibilité du virus lors de différents moments d’exposition par rapport aux patients contaminés, en l’occurrence avant et après l’apparition des symptômes. Portant sur 22 cas secondaires identifiés parmi 2761 sujets contacts de 110 cas index, cette étude a déterminé que ces personnes infectés avaient été exposées dans les cinq jours précédant le début des symptômes d’un cas index et pour d’autres jusqu’à cinq jours suivant l’apparition de la symptomatologie. De même, une étude singapourienne, publiée en avril dans le Morbidity and Mortality Weekly Report, bulletin épidémiologique hebdomadaire des CDC américains, a analysé sept foyers épidémiques clusters dans lesquels une transmission du virus à partir de sujets présymptomatiques avait probablement eu lieu. Au sein de ces foyers, dix cas ont été attribués à une transmission à partir de sujets présymptomatiques. Les chercheurs ont montré que la transmission présymptomatique avait sans doute eu lieu dans quatre de ces foyers épidémiques entre un et trois jours avant que le patient source ne développe de symptômes. Concernant les modélisations, une étude chinoise publiée en mai dans Nature Medicine a estimé que 37 % à 48 % des transmissions secondaires étaient survenues durant la phase pré-symptomatique des cas index, plus précisément entre un à deux jours avant le début des symptômes. L’infectiosité déclinait ensuite rapidement durant les sept jours suivants le début des symptômes. Forte hétérogénéité des études Les trois revues systématiques et méta-analyses publiées ces derniers jours insistent sur le haut degré d’hétérogénéité entre les études analysées. Cela tient sans doute aux différences de populations de patients, à la durée du suivi, aux différents moments auxquels les PCR et cultures virales ont été réalisées, le type d’échantillons biologiques, mais aussi aux comorbidités et au degré de sévérité de la maladie qui n’est d’ailleurs pas toujours défini de la même façon. Peuvent également intervenir les traitements administrés. En effet, la plupart des patients inclus dans ces études ont reçu des traitements susceptibles de modifier la cinétique de l’excrétion virale. Enfin, même s’il est possible que la durée assez courte durant laquelle il est possible d’isoler du virus viable en culture ne soit pas parfaitement corrélée avec la période durant laquelle le virus est transmissible, les chercheurs estiment cependant qu’il existe probablement entre les deux périodes une assez grande correspondance. Quoiqu’il en soit, ces équipes s’accordent sur un point il importe de conduire ce type de collecte de données et d’analyse au fur et à mesure de la publication des études dans la littérature médicale et scientifique internationale afin de se donner les moyens de cerner au plus près la cinétique de la charge virale, la dynamique de l’excrétion du virus, la durée de la présence de virus viable, tout en harmonisant les méthodes. Tout cela afin de mieux appréhender l’infectiosité du SARS-CoV-2 et donc le risque de transmission, mais également de faciliter la prise de décision concernant les mesures sanitaires visant à contrôler l’épidémie de Covid-19. Marc Gozlan Suivez-moi sur Twitter, sur Facebook [1] Cette durée de détection de l’ARN viral est de 14,6 jours en moyenne, avec un intervalle de confiance 95% compris entre 15,5 et 18,6 jours résultat sur 43 études portant sur un total de 3229 patients. Une autre revue de la littérature a été publiée en ligne le 20 octobre dans la revue Infection Control & Hospital Epidemiology. Elle porte sur un total de 77 études non pédiatriques sur le SARS-CoV-2 publiées avant le 8 septembre 2020. Sur ces 77 études, 70 concernent des patients hospitalisés. Elle indique que la durée moyenne d’excrétion de l’ARN viral est de 18,4 jours résultat sur 28 études, IC95% 15,5 jours-21,3 jours. Celle-ci a été évaluée à 19,8 jours chez les patients atteints d’une forme sévère de Covid-19 IC95% 16,2 jours-23,5 jours et à 17,2 jours IC95% 14 jours-20,5 jours chez les patients atteints d’une forme légère à modérée de la maladie 10 études. [2] La durée maximale de l’excrétion virale a été estimée à 83 jours dans une autre revue de la littérature publiée en ligne le 20 octobre dans la revue Infection Control & Hospital Epidemiology. Une positivité intermittente en PCR sur un prélèvement nasopharyngé a été observée dans une étude 92 jours après le début des symptômes, ce patient atteint d’une forme légère de Covid-19 avait été testé négatif à J72 avant d’être testé positif vingt jours après. [3] Plus précisément, la valeur moyenne du CT nombre de cycles avant détection d’un signal positif à la PCR chez les patients asymptomatiques, présymptomatiques, symptomatiques était respectivement de 25, 23 et 24. [4] Une étude américaine, publiée en avril dans le New England Journal of Medicine, a rapporté l’isolement de virus viable six jours avant le début des symptômes typiques mais il semblerait que la date de l’apparition des signes cliniques n’ait pas été clairement définie. [5] Par exemple, indique l’OMS, si un patient a présenté des symptômes pendant deux jours, son isolement peut être levé au bout de 10 jours + 3 jours = 13 jours à compter de la date d’apparition des symptômes. Autre exemple si un patient présente des symptômes pendant 14 jours, son isolement peut être levé 14 jours + 3 jours = 17 jours après la date d’apparition des symptômes. Dernier exemple pour un patient présente des symptômes pendant 30 jours, l’isolement peut être levé 30 jours + 3 jours = 33 jours après la date d’apparition des symptômes. Schéma récapitulatif Cinétique de la charge virale et de la réponse en anticorps lors de l’infection par SARS-CoV-2. Dynamique de plusieurs marqueurs PCR, sérologie au cours de l’infection par le SARS-CoV-2. Caruana G, et al. Clin Microbiol Infect. 2020 Sep;2691178-1182. Pour en savoir plus Cevik M, Tate M, Llyod O, et al. SARS-CoV-2, SARS-CoV, and MERS-CoV viral load dynamics, duration of viral shedding, and infectiousness a systematic review and meta-analysis. Lancet Microbe. PublishedNovember 19, 2020. doi Fontana LM, Villamagna AH, Sikka MK, McGregor JC. Understanding viral shedding of severe acute respiratory coronavirus virus 2 SARS-CoV-2 Review of current literature. Infect Control Hosp Epidemiol. 2020 Oct 201-10. doi Walsh KA, Jordan K, Clyne B, Rohde D, et al. SARS-CoV-2 detection, viral load and infectivity over the course of an infection. J Infect. 2020 Sep;813357-371. doi Et aussi Arons MM, Hatfield KM, Reddy SC, et al.; Public Health–Seattle and King County and CDC COVID-19 Investigation Team. Presymptomatic SARS-CoV-2 Infections and Transmission in a Skilled Nursing Facility. N Engl J Med. 2020 May 28;382222081-2090. doi Bullard J, Dust K, Funk D, et al. Predicting infectious SARS-CoV-2 from diagnostic samples. Clin Infect Dis. 2020 May 22ciaa638. doi Cevik M, Marcus JL, Buckee C, Smith TC. SARS-CoV-2 transmission dynamics should inform policy. Clin Infect Dis. 2020 Sep 23ciaa1442. doi Cheng HY, Jian SW, Liu DP, et al; Taiwan COVID-19 Outbreak Investigation Team. Contact Tracing Assessment of COVID-19 Transmission Dynamics in Taiwan and Risk at Different Exposure Periods Before and After Symptom Onset. JAMA Intern Med. 2020 Sep 1;18091156-1163. doi Caruana G, Croxatto A, Coste AT, et al. Diagnostic strategies for SARS-CoV-2 infection and interpretation of microbiological results. Clin Microbiol Infect. 2020 Sep;2691178-1182. doi Han MS, Seong MW, Kim N, et al. Viral RNA Load in Mildly Symptomatic and Asymptomatic Children with COVID-19, Seoul, South Korea. Emerg Infect Dis. 2020 Oct;26102497-2499. doi He X, Lau EHY, Wu P, Deng X, et al. Temporal dynamics in viral shedding and transmissibility of COVID-19. Nat Med. 2020 May;265672-675. doi Hu Z, Song C, Xu C, et al. 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Desrésultats préliminaires obtenus plus récemment encore sur les mêmes sites montrent une réduction très significative de la charge virale dans les eaux usées, une conséquence attendue des mesures de confinement sur la circulation du virus. Ces résultats nous incitent aujourd’hui à proposer une surveillance régulière des eaux usées.

Dans un laboratoire de diagnostic entre 2016 et 2018, 46,7% des cas positifs de rotavirus chez les nourrissons étaient le résultat d’une excrétion virale liée au vaccin, selon une étude publiée dans Clinical Infectious Diseases. Les enquêteurs ont souligné l’importance de distinguer le virus vaccinal du type sauvage dans les tests diagnostiques de routine des nourrissons. L’avènement et la mise en œuvre du vaccin contre le rotavirus ont eu un effet positif significatif sur la nécessité d’une attention médicale à la suite de cette infection. Cependant, comme le vaccin contient une version atténuée vivante du virus, qui se réplique dans l’intestin et est donc excrété dans les selles, il peut exercer un effet de confusion sur le diagnostic de l’infection à rotavirus chez les personnes qui ont reçu le vaccin. Un diagnostic précis est crucial pour la gestion clinique et le suivi du rotavirus actif et de l’efficacité du vaccin. Cette étude de cohorte de Brisbane, Queensland, a recueilli des échantillons de selles hebdomadaires pour évaluer la question de l’excrétion du virus du vaccin contre le rotavirus chez les nourrissons dans le cadre du programme de vaccination à l’échelle de l’État. À l’aide de tests spécifiques pour les souches de rotavirus 1 et 5 RV1 et RV5, respectivement, un total de 465 échantillons positifs au rotavirus par réaction en chaîne de la polymérase PCR ont été retestés, dont 65 n=16, 24,6 % de nourrissons âgés de <1 an ont été recueillis pendant la période où le Queensland a utilisé le vaccin RV5 banque 1 et 400 n=136, de nourrissons âgés de <1 an de la période pendant laquelle le vaccin RV1 était utilisé banque 2. Parmi les échantillons de la banque 1 qui ont été testés positifs pour le rotavirus, 10,8% ont été testés positifs pour le RV5 ; tous provenaient de nourrissons âgés de <1 an. Parmi les échantillons de la banque 1 qui provenaient de nourrissons âgés de <1 an n=16, 43,8 % des détections étaient positives pour le RV5. Parmi les échantillons de la banque 2, 64 16,0 % étaient positifs pour le RV1, et tous sauf 2 provenaient de nourrissons. En outre, 2 échantillons provenant de nourrissons dans le pool de la banque 2 étaient positifs pour le RV5. Aucune différence significative n’a été observée dans la détection du virus vaccinal chez les nourrissons entre les échantillons de la banque 1 et de la banque 2 risque relatif, 0,93 ; IC à 95 %, 0,52-1,67. Dans de nombreux cas, les symptômes qui ont motivé le dépistage du rotavirus étaient très probablement dus à d’autres agents pathogènes présents en même temps que le virus vaccinal. De telles codétections ont été observées dans 12 des 65 18,5 % échantillons du banc 1 et dans 80 des 400 20,0 % échantillons du banc 2. Les agents pathogènes codétectés les plus fréquemment identifiés étaient le norovirus, l’adénovirus et la Salmonella non typhoïde ; les enquêteurs ont noté que dans les cas de codétection, ces agents pathogènes étaient plus probablement la cause des symptômes diarrhéiques. Les enquêteurs ont conclu que » ces données soulignent la nécessité de disposer de méthodes de diagnostic et de dépistage du rotavirus permettant de distinguer le virus vaccinal du virus de type sauvage lors du dépistage des nourrissons récemment vaccinés à l’aide de plateformes… dans les contextes où les tests disponibles ne peuvent pas distinguer le virus vaccinal du virus de type sauvage, alors un commentaire approprié devrait accompagner le résultat du test indiquant que la détection de l’ARN du rotavirus chez les nourrissons n’est pas nécessairement une indication d’infection, mais peut être due à l’excrétion du vaccin. » Divulgation Plusieurs auteurs de l’étude ont déclaré des affiliations avec l’industrie pharmaceutique. Veuillez consulter la référence originale pour obtenir la liste complète des divulgations des auteurs. Divulgation plusieurs auteurs de l’étude ont déclaré des affiliations avec l’industrie pharmaceutique. . 105 122 443 142 358 393 29 270

résultat compatible avec une excrétion virale significative